Η σεζόν καρτ ολοκληρώθηκε στο Βασίλειο των Μανιταριών και έτσι ο Mario και ο Peach ταξίδεψαν στην Αίγυπτο για να περάσουν όμορφες διακοπές. Ωστόσο, όπως θα περίμενε κανείς, ο Mario αντιμετωπίζει ξανά μπελάδες όταν ανακαλύπτει ένα αρχαίο γιγάντιο όπλο που ενεργοποιεί και εκτοξεύει δύο μεγάλα βλήματα εναντίον του ήρωά μας. Ο μόνος του τρόπος να ξεφύγει είναι να τρέξει μέχρι να βρει το μαγικό αντικείμενο που θα καταστρέψει τις γιγάντιες σφαίρες. Αλλά αυτό το αντικείμενο είναι καλά κρυμμένο και υπάρχει πολύς δρόμος μέχρι να το φτάσετε, οπότε ο Mario πρέπει να ξεφύγει από πολλές παγίδες, να αντιμετωπίσει ζόμπι και μούμιες και να βρει έναν ασφαλή τρόπο ανάμεσα σε πολλά εμπόδια.